Epigenetics

Paquete de R cuyo objetivo es identificar Regiones Variablemente Metiladas en datos de microarreglos de metilación del DNA. Adicionalmente, utilizando datos genéticos (G) y ambientales (E), esta herramienta puede identificar qué modelo (G, E, G+E o GxE) explica mejor su variabilidad.

Los primeros años de vida son un periodo altamente sensible en el desarrollo humano. La metilación del DNA, una marca epigenética que se deposita en el DNA, ha sido propuesta como uno de los mecanismos por los cuales las experiencies de vida temprana alteran la biología de las personas. El objetivo de este proyecto es modelar la variabilidad de la metilación del DNA y cómo es que la variación genética y exposición ambiental contributen a esta.

Presentación en la reunión mensual del Vancouver Bioinformatics User Group en septiembre de 2023. Acompañándome en la sesión, después de mí expone mi supervisora, la Dra. Keegan Korthauer, quien expone los temas de investigación que llevamos a cabo en el laboratorio.

Identification of potential epigenetic key players during COVID-19 infection using integrative analyses of gene co-expression networks and de-novo pathway enrichment.

Undergraduate thesis. Trancriptomic analysis to study the effect of DAXX, a H3.3 histone variant chaperone, in human cell lines from lung, colon and glioblastoma. DAXX was found to be associated with mainly tissue-specific genes. Shared disregulated genes were found to be associated with cancer.